Covanta và các công ty đốt rác khác tiếp tục gặp vấn đề với dioxin, thủy ngân và các chất gây ô nhiễm khác.
Covanta đã đạt được thỏa thuận với Bộ trưởng Tư pháp Connecticut để trả 400,000 đô la cho các vi phạm phát thải dioxin tại một lò đốt. Các vấn đề nghiêm trọng đến mức buộc phải tạm thời đóng cửa lò đốt. Bài báo này của BBC bao gồm một cuộc phỏng vấn với văn phòng tổng chưởng lý về trường hợp.
Một báo cáo điều tra năm 2011 cho thấy rằng hai lò đốt chất thải Covanta nằm trong số những nơi gây ô nhiễm công nghiệp hàng đầu của Florida trong danh sách Theo dõi của EPA. Đây là hai trong số những lò đốt rác lớn nhất cả nước.
Năm 2010, Ironbound Community Corporation của Newark, NJ và GreenFaith đã giành được giải quyết từ Covanta sau khi họ kiện công ty về hàng trăm vi phạm Đạo luật không khí sạch tại lò đốt Newark, NJ của Covanta.
Thủy ngân là một vấn đề nghiêm trọng khác với lò đốt. Một lò đốt ở Baltimore do Wheelabrator (sau đó là công ty con của Công ty Quản lý Chất thải) vận hành là bị phạt vì phát thải thủy ngân vào tháng 2011.
Nghiên cứu vào năm 2011 của Sở Bảo tồn New York cho thấy rằng các lò đốt của bang (do cả Covanta và Wheelabrator vận hành) phát thải Gấp 14 lần thủy ngân trên một đơn vị năng lượng hơn các nhà máy than của bang, và tổng thể thải ra nhiều tấn thủy ngân hơn.
Tro
Thiết bị lọc không khí không loại bỏ được các chất ô nhiễm không khí như dioxin và thủy ngân: khí thải độc hại do thiết bị này thu được sẽ tập trung trong tro. Quản lý tro là một vấn đề nan giải đối với các lò đốt và những trường hợp quản lý yếu kém nghiêm trọng đã xảy ra trong những năm gần đây.
Covanta có liên quan đến việc mở bãi thải một cánh đồng tro có kích thước bằng một quả bóng đá ở Butte County, California, cũng như tại các trang trại địa phương. Xét nghiệm tro phát hiện hàm lượng dioxin cao, phải chuyển đến bãi chôn lấp chất thải nguy hại. Covanta đóng cửa lò đốt vào cuối năm 2012.
Covanta không phải là công ty lò đốt duy nhất dính líu đến việc quản lý tro xỉ kém hiệu quả. Wheelabrator (khi đó là công ty con của Waste Management Inc) đã đồng ý thỏa thuận trị giá 7.5 triệu đô la với Bộ trưởng Tư pháp Massachusetts vào năm 2011. Những cáo buộc của những người tố giác tại một lò đốt bao gồm việc không xử lý tro theo quy trình và quản lý kém nước thải được sử dụng trong hệ thống lọc.